Driftsselskapet Havbruksstasjonen i Tromsø AS ble etablert i 1999 med formål å drive Havbruksstasjonen.
Stasjonen ble oppført i 1990 med finansiering fra Fiskeri- og kystdepartementet.Bygningsmassen eies i dag av Statsbygg.
Driften finansieres av eierne gjennom en årlig stasjonsleie. Styret består av tre representanter fra hver av eierinstitusjonene og en representant fra de ansatte